Identificação de variantes de SARS-Cov-2

Escolha sua amostra

• Dentre as amostras abaixo, escolha a sua e copie para sua pasta

• Entre na sua pasta

cd ~/eusoujacu
mkdir SARS
cd SARS

• Copie para sua pasta

cp /home/bioufmg2/anaconda3/bak/SARS/<AMOSTRA>*.fastq.gz .

Entre no ambiente conda

conda activate SARS

Controle de qualidade

• Trimmomatic vai retirar as regiões de baixa qualidade, remover os adaptadores e filtrar sequências curtas.

trimmomatic PE -threads 20 <AMOSTRA>_1.fastq.gz <AMOSTRA>_2.fastq.gz Paired_R1.fastq.gz Unpaired_R1.fastq.gz Paired_R2.fastq.gz Unpaired_R2.fastq.gz ILLUMINACLIP:/home/bioufmg2/anaconda3/bak/SARS/adapters.fasta:2:30:10:2:keepBothReads LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:4:20 MINLEN:50

Mapeamento ao genoma de referência

• Mapeia os reads filtrados em um genoma de referência de SARS-Cov-2 formatado para o STAR

STAR --runThreadN 2 --genomeDir /home/bioufmg2/anaconda3/bak/SARS/reference/ --readFilesIn Paired_R1.fastq.gz Paired_R2.fastq.gz --readFilesCommand zcat --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --outFileNamePrefix SARS --limitBAMsortRAM 1014992814

Identificação de variações genéticas

• Compara as sequências do mapeamento com a referência e identifica pontos de mutação

bcftools mpileup -f /home/bioufmg2/anaconda3/bak/SARS/RefSeq.fasta SARSAligned.sortedByCoord.out.bam | bcftools call -mv -Ob -o SNVs.bcf
bcftools view SNVs.bcf -i '%QUAL>150' > SNVs.txt

Montagem do genoma viral

• Faz a montagem do genoma viral orientado pela referência já depositada

spades.py --only-assembler --trusted-contigs /home/bioufmg2/anaconda3/bak/SARS/RefSeq.fasta -1 Paired_R1.fastq.gz -2 Paired_R2.fastq.gz -t 2 -o assembly

Filtragem de fragmentos

• Remove contigs pequenos que não representam o genoma do virus

cat assembly/scaffolds.fasta | perl /home/bioufmg2/anaconda3/bak/SARS/filter_small.pl 20000 > pangolin_input.fasta

Faz identicação de variante de SARS-Cov-2

conda activate pangolin
pangolin pangolin_input.fasta